科研工作中,科研绘图是我们必不可少的工具,好的图表可以增强论文的颜值,让审稿人眼前一亮。
今天给大家推荐10款好用的生信绘图工具,希望可以帮到大家!
1. Exon-Intron Graphic Maker
网址:
http://www.wormweb.org/exonintron
Exon-Intron Graphic Maker是一个绘制基因结构的在线小工具。它可以根据序列长度等比例绘制基因的结构元件,如5' UTR、CDS、外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。
2. VennY
网址:
https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
韦恩(Venn)图用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系,在生物信息分析中,是常用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)的统计图之一。
3. Ternary plot maker
网址:
https://www.ternaryplot.com/
三元图是将三个变量相加为一个常数(一般为1.0或100%)的有用图表,我们可以用三元图对高通量测序数据进行三组间比较,展示三组间的相对基因表达或OUT丰度等。
4. STRING
网址:
https://cn.string-db.org/
String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。
5. GSDS
网址:
http://gsds.gao-lab.org/
GSDS 2.0 旨在用于可视化基因注释功能,并生成适合出版的高质量图形。除了主要功能(即外显子/CDS的坐标),还可以显示其他注释功能,如保守元素和结合位点。
6. Mfold
网址:
http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold
使用Mfold可以对DNA和RNA的二级结构进行预测,得到非常好看的二级结构图。
7. ImageGP
网址:
http://www.ehbio.com/ImageGP/
ImageGP旨在使得科研作图更简单更细腻的网站。主要包括以下作图类型:折线图、GO富集、热图、箱线图、散点图、条形图、火山图、曼哈顿图、直方图、韦恩图、Upset图、密度图、主成分分析图、桑基图、LEFSe图等等。这个网站使用方便,作图精美,而且不需要了解任何代码,对小白来说很友好,是可以收藏使用的。
8. 微生信
网址:
http://www.bioinformatics.com.cn/
免费且不依赖电脑操作系统、无需安装程序,一个浏览器即可实现高质量的科研绘图。不需要编程基础,将绘图代码简洁化,界面化,目前开发了近226个绘图模块。常规绘图包括:条形图,柱状图,饼图,折线图,面积图,漏斗图,box图,小提琴图,Venn图等60种。
9. Sangerbox
网址:
http://vip.sangerbox.com
Sangerbox 是基于网络的工具平台,用户可以在一个友好的交互页面中进行不同的分析。平台提供可交互的图形化分析工具,包括相关性分析工具,通路富集分析、WGCNA分析等常见的工具和功能。
10. Chiplot
网址:
https://www.chiplot.online/
Chiplot是一个强大、易于使用的在线可视化工具,能够帮助用户快速创建交互式图表和数据可视化,并与团队成员共享和协作。Chiplot支持多种图表类型,包括散点图、折线图、柱状图、饼图、热力图、地图等。用户可以使用拖放界面添加数据、选择图表类型、自定义颜色和字体等选项,并进行交互式数据探索和过滤。
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